Risiko umum ultrabunyi juga berlaku pada Ultrabunyi 3D. Pada dasarnya ultrabunyi dianggap selamat. Walaupun kaedah pengimejan lain menggunakan pewarna radioaktif atau sinaran pengion, misalnya, transduser ultrabunyi menghantar denyutan bunyi frekuensi tinggi ke dalam badan dan kemudian mendengar gema.

Ringkasnya, risiko utama yang berkaitan dengan ultrasound adalah potensi pemanasan tisu atau peronggaan. Mekanisme apabila pemanasan tisu dan kavitasi diukur adalah melalui piawaian yang disebut indeks termal (TI) dan indeks mekanikal (MI). Walaupun FDA menggariskan nilai yang sangat selamat untuk maksimum TI dan MI, tetap disarankan untuk mengelakkan pengimejan ultrabunyi yang tidak perlu.[2]